El zoológico posee un plan de colección de especies nativas propias de la zona “Zoológico de la Región Guaraní”, especialmente las pertenecientes a Paraguay y países co lindantes, sin embargo se tienen como ejemplos de fauna exótica a los megavertebrados carismáticos como el Elefante, el León, Hipopótamos, Chimpancé, entre otros.
El zoológico de Asunción esta compuesto por 373 animales, distribuidos en tres clases:
1. Aves: tenemos 12 familias, 31 especies y un total de 116 aves.
2. Mamíferos: tenemos 18 familias, 30 especies y un total de 158 mamíferos. Reptiles: tenemos 04 familias, 08 especies y un total de 99 reptiles.
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